Ernesto, o espaço está inchando só onde não há matéria? Isto é, por que a separação física entre corpos aqui na Terra não está aumentando? Se for devido à gravidade, por que ela é capaz de segurar a expansão aqui, mas não em todo o universo?‎

O espaço está inchando em todos os lugares, inclusive dentro dos átomos. Contudo, se você usar a lei de Hubble, que dá a taxa de crescimento das distâncias, verá que esse crescimento, para pequenas distâncias, é muito lento. Veja o cálculo:
v = H.r, onde H = 1,69E-18/s
para r = 1E-10m (raio atômico), tem-se v = 1,69E-28m/s, isto é, desde que o universo existe, há 4.35E17s, o elétron se afastou do próton, no átomo de Hidrogênio 7.36E-11m, ou seja, 73,6% do seu valor.