O que acha que acontece na mente dos preconceituosos sociais (racistas, xenófobos, homofóbicos, etc) ? Seria a ausência da compreensão do que é o Homo Sapiens Sapiens ou apenas medo do que lhe parece diferente?

Tanto um quanto outro. Preconceituosos, realmente, não compreendem o ser humano em sua totalidade. Isso vale para todos. Alguns, além disso, têm medo dos comportamentos minoritários por temerem, justamente, poderem se enquadrar naquela situação.