Baruch Espinoza era ateu? Ele só chamava a natureza de deus por que tinha medo de ser condenado na época?

Não. Ele era panteísta, isto é, considerava que deus era a própria natureza. Um ateu considera que a natureza é uma entidade sem escolha e sem poder. Já um panteísta considera que a natureza toma resoluções, faz escolhas, tem vontade. Isso é muito diferente.