Chamar uma pessoa de analfabeta (funcional, política, filosófica, etc.) é xingamento?

Depende do modo como isso é dito. Para começar, só pode ser dito se for verdade. Depois, tem que ser dito, se for o caso de ser dito, numa linguagem conotativa amena, sem rispidez. Então não é xingamento. Todavia, do mesmo modo que dizer a uma pessoa feia que ela seja feia, a uma pessoa gorda que ela seja gorda, a uma pessoa burra que ela seja burra ou a uma pessoa ignorante que ela seja ignorante, exceto em situações imprescindíveis, dizer a uma pessoa analfabeta que ela é analfabeta deve ser evitado, por uma questão de caridade. Mas dizer a uma pessoa malvada que ela é malvada, a uma pessoa desonesta que ela é desonesta, a uma pessoa mentirosa que ela é mentirosa é algo que, inclusive, é muito bom que seja feito.