Fótons aniquilados? Quer dizer então que a luz do Universo será completamente destruída e a escuridão sairá vitoriosa para sempre?‎

Exatamente. Mas não é uma aniquilação e sim uma extinção. A luz deixa de existir não porque é destruída e sim porque vai gradualmente perdendo a frequência até que ela não se distingua de zero. Mas isso leva centenas de trilhões de anos ou mais. Só que o Universo não acaba. Continua se expandindo sempre escuro e sem matéria nenhuma. Indefinidamente.