Sim, está tudo se afastando. Mas a taxa de afastamento é dada pela Lei de Hubble:
v = H.r, onde v é a taxa de variação da separação (que não é uma velocidade de movimento), r é a separação e H é a constante de Hubble, cujo valor atual é 67km/s/Mpc = 2,16E-18s^-1.
Para uma separação entre os núcleons, da ordem de 10^-14m, a taxa de separação cósmica é, pois, de 2,16E-32m/s, ou seja, para que os núcleons aumentem sua separação de um milésimo, isto é, de 10^-17m, serão necessários 4,63E14s, ou seja, 15 milhões de anos.
Isso, porém, se refere à separação pela expansão cósmica que é um resultado das equações de Friedmann, que se aplicam a uma distribuição de homogênea de matéria afetada apenas pela interação gravitacional. No caso de estarem presentes outras interações, inclusive mais fortes do que a gravitacional, elas podem, e de fato o fazem, impedir que a separação aconteça pela Lei de Hubble, tornando-se tantas vezes mais lenta quanto essa interação for maior do que a gravitacional. A interação nuclear entre núcleons é 10^42 vezes mais intensa do que a gravitacional.
Sugiro a leitura do livro, muito acessível, até para o nível médio, "An Introduction to Modern Cosmology" de Andrew Liddle (Wiley). Só tem que saber inglês, pois não tem tradução para o português. É um livro fino (177 páginas só).
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