Ops eu escrevi errado eu perguntei se Matéria é Energia, quando eu queria perguntar se Massa é Energia. Pequeno grande erro. 21/02/2016

Nesse caso há, de fato, equivalência entre as grandezas, mas elas são usadas em circunstâncias diferentes. O que acontece é que a massa de um sistema, que é a grandeza que mede a sua quantidade de inércia, bem como a sua capacidade de exercer e sofrer interação gravitacional, é constituída não só da massa de cada partícula de que ele seja composto, como também de todas as energias internas que ele possua, tanto cinéticas quanto potenciais. Essas energias são convertidas em valor de massa pela equação E = mc². A questão é o que é a massa de uma partícula realmente elementar, isto é, que não seja um sistema composto de outras coisas, como um elétron (mas não um próton). Nesse caso a massa é definida pelo comportamento inercial da partícula, isto é, pela aceleração sofrida sob a ação de alguma interação, medida em um referencial inercial. Essa massa inercial é rigorosamente proporcional à "carga" gravitacional da dita partícula, de modo que pode-se usar para o valor da "carga" gravitacional a própria massa inercial.