Sou ateu, cético, e por mais que eu admire partes do Budismo(seus conceitos morais principalmente) não concordo com outras(como sansara, etc)...Mas tenho vontade de conhecer mais sobre... É ético eu participar de algum retiro, mesmo que eu tenha que participar das orações (algo que eu não acredito)?

Sim. Não há nenhuma falta de ética. Não só budista como qualquer outro evento religioso ou filosófico de qualquer corrente. Só para adquirir conhecimento a respeito. O que não se pode, então, é zombar, ridicularizar, depreciar, desrespeitar ou atrapalhar o evento por não se crer no que se está pregando.