Por que é tão difícil expulsar deus da metafísica?‎

Porque esse é um dos assuntos de que a metafísica cuida. E é válido discutir se existe ou não deus (ou deuses) de cada tipo de concepção (deísta, teísta, panteísta, pandeísta, panenteísta). Ou se existe alguma realidade sobrenatural, como espíritos. Não que a metafísica cuide especialmente disso. A metafísica cuida do que não seja físico, isto é, das abstrações e de alguma realidade sobrenatural, se houver. Discutir se há é um tema metafísico, dentre outros. Mas não como se faz em teologia, isto é, a partir de pretensas revelações que as várias religiões consideram fonte de conhecimento. As considerações metafísicas sobre alguma realidade sobrenatural se baseiam na averiguação de evidências e de comprovações, não só da existência, mas das possíveis propriedades de tal tipo de realidade. Do mesmo modo que a ciência estuda muita coisa que não se sabe se existe, como os universos paralelos, os túneis de minhoca, as supercordas e assim por diante. É válido cogitar dessas possibilidades. Inclusive de Deus.