A lógica para o senhor seria apenas um sistema formal de análise ou uma estrutura metafísica?

Ambos e mais ainda. A lógica é fenomenológica. Isto é, ela se amolda ao comportamento da natureza. O raciocínio é um produto do cérebro, que é um sistema biológico, e, logo, físico. O modus operandi das estruturas de neurônios com suas sinapses, que possibilitam o pensamento, funcionam de acordo com as leis quânticas e eletromagnéticas que descrevem o comportamento da matéria e dos campos de interação que executam o processo. Não existe isso de epifenômeno,emergência nem de comportamento holístico. O reducionismo é que ocorre. Só que é preciso entender o reducionismo, lógico, ontológico, epistemológico, fenomenológico, de propriedades e de causação, não apenas como "nada além de", que é um reducionismo linear, mas como um reducionismo superveniente, isto é, não linear, que inclui retroalimentações, termos potências e produtos e não a simples soma. Desta forma pode-se encampar o holismo dentro do reducionismo, pois o todo, não sendo apenas a soma das partes, não existe sem elas, além de estar sempre em interação com o resto do Universo. Daí a lógica ser como é porque a natureza se comporta como se comporta. Se outras fossem as leis que descrevem o comportamento da natureza, outra seria a lógica. Tanto é que, à medida que se descobrem novos fatos na natureza a lógica vai se adaptando para abarcá-los, como a lógica difusa, policotômica, multidimensional, modal e assim por diante. A descoberta da não euclidicidade do espaço e da incausalidade e indeterminismo quântico foram fatores determinantes para a extensão da lógica dicotômica do terceiro excluido tradicional. Isto é, a lógica é função da psicologia, que é função da biologia, que é função da química, que é função da física.
Quanto à metafísica, tirando a ontologia, que é o estabelecimento arbitrário de conceitos e sua categorização, o estabelecimento de relações entre os entes abstratos ontologicamente definidos, por um processo de reflexão, uma vez que não há como se fazer experimentação metafísica, é um processo lógico e, portanto, dependente da fenomenologia da natureza.
Por exemplo. Por muito tempo se pensava que todo evento tinha uma causa, já que isso era o que se observava. Isto ficou como um princípio metafísico. Como se descobriu, na natureza, eventos sem causa, esse princípio caiu. Da mesma forma o determinismo.
Por isso é que considero que a Filosofia não pode ser independente da Física, que é a ciência fundamental da natureza. Se houver contradição entre algo estabelecido pela Filosofia e o comportamento da natureza, vale o último.
Mesmo a ética tem a ver com a natureza. Porque um dos pilares da ética é o princípio utilitário de maximização da felicidade. E a felicidade tem a ver com o aumento de dopamina nas fendas sinápticas do sistema de recompensa, constituído pela área tegmentar ventral, pelo núcleo acumbente e pelo córtex pré-frontal. O mesmo se pode dizer da estética, que, mais ainda, se relaciona ao prazer da contemplação sensorial de algo.

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