Como é que um substrato físico regido por leis causais da natureza, conforme as conhecemos, seria capaz de dar origem a algo como "decisão" ou "vontade", sendo que as mesmas, por definição, são desprovidas de causa? Nada na natureza escolhe seguir as leis da natureza...

Por meio da complexidade. Essa é a resposta. A complexidade do sistema neural permite operações extremamente intrincadas, que dão azo a escolhas, decisões. invenções, desejos e todo o psiquismo. Ainda está em estudo esse mecanismo todo, inclusive o da geração da consciência e da auto-consciência. Todavia não há, a priori, nenhum impedimento para que tudo isso possa surgir como uma ocorrência do funcionamento cerebral. Inclusive, a possibilidade de escolha, advém, justamente, do indeterminismo essencial da natureza. Escolhas, desejos, decisões, não contrariam leis da natureza, exatamente porque elas não são causais e nem determinísticas. Elas são probabilísticas. A explicação disso tudo é tema de pequisas atuais da neurociência, ainda sem resposta definitiva. A falta de uma compreensão cabal desse funcionamento, todavia, não autoriza a supor que ele possa ser explicado pela interveniência de alguma entidade extra-natural, como uma alma espiritual. Inclusive porque essa suposição, absolutamente, não explica como a ação de uma suposta alma provê a pessoa de decisões, sentimentos ou o que seja. Inclusive está muito mais longe de dar explicações do que a neurociência. Não existe uma "ciência da alma" que provenha explicações sobre o seu funcionamento. Os livros a respeito, como, por exemplo "Fenomenologia do Espírito", de Hegel, são meras "doxas" sem comprovação. O mesmo se pode dizer das "pseudo-científicas" obras de Allan Kardec. Não se tratam de explicações testáveis, mesmo que indiretamente.