Com a entropia do Universo maximizada e a energia minimizada, cessando a passagem do tempo, já que não decorrem mais alterações no estado do Universo, não violaria o princípio da incerteza?

A energia não é minimizada, ela é conservada. O que é minimizado é o nível ou seja, a densidade de energia, que vem a ser a temperatura. Se o Universo estiver todo ele em seu nível mais baixo de energia, não há como haver alteração em seu estado. Mas esse nível mais baixo ainda possui uma energia, mormente sendo um conglomerado de férmions (como uma anã-branca ou uma estrela de nêutrons). Com isso a relação de incerteza ainda vai prevalecer. No caso da energia essa relação liga a flutuação de energia ao tempo em que pode ocorrer. Globalmente a diminuição de temperatura ocorre assintoticamente, isto é, variações cada vez menores demoram um tempo cada vez maior. Então a passagem do tempo vai se ralentando cada vez mais, sem nunca chegar, definitivamente, a parar de passar. Cada, digamos, trilhonésimo de Kelvin que diminuir, vai consumir trilhões de anos para acontecer (esses valores são chutados, teria que fazer a conta).