Digamos que tenhamos um trem suspenso a eletroímãs (trem balas) em um vácuo. E começamos a impulsionar o trem com um certa energia. Gostaria de saber se o trem iria parar em algum momento por alguma espécie de "atrito" ou só apatia caso se chocasse com algo.‎

Os trens Maglev não se movem no vácuo. Mas há um projeto de que se movam dentro de tubos com baixa pressão, o que diminuiria muito a resistência do ar, aliado a sua forma aerodinâmica. Se se movessem no vácuo mesmo, não haveria atrito nenhum. A aceleração e a frenagem se dão, também, por interação magnética com os trilhos, mesmo que ele não encoste neles.
http://pt.wikipedia.org/wiki/Maglev