Como seria a filosofia se valendo "método científico"? Então não seria apenas ciência? Afinal o que a caracteriza é a metodologia, não?‎

Não. O que caracteriza é o sujeito da investigação, isto é, o assunto. Mesmo em ciência, não se usando a metodologia padrão, faz-se ciência, se o assunto for científico. Assim, mesmo usando-se uma metodologia científica, se o assunto for filosófico, está-se fazendo filosofia.