Sobre a pergunta do livro "O erro de Descartes": Quer dizer então que não conseguimos tirar conclusões "puramente" lógicas de nada, se todo o processo pelo qual ela está sendo feita é permeado por emoção?

A emoção, no caso, significa, também, um pensamento puramente intuitivo. Normalmente um cientista e um matemático, ao demonstrar um teorema, primeiro ele faz tentativas intuitivas, faz experimentos particulares que busca generalizar num processo indutivo. Então, vendo o que é que dá certo, vai buscar argumentos lógicos para conseguir provar racionalmente o que já concluiu intuitivamente. Esse é o processo geral. Aliás, um dos grandes defeitos dos cursos de metodologia da pesquisa é que ele só se debruçam nas técnicas para se testar hipóteses e esquecem que o fundamental, para progredir o conhecimento, não é testar as hipóteses (mesmo que isso seja necessário) e sim "formular" as hipóteses a serem testadas. Esse treinamento da intuição científica não é dado nos cursos de doutorado. Mas é ela que faz progredir o conhecimento. E isso é feito pela parte emocional da mente. Outro aspecto emocional que está sempre presente, mesmo na parte lógica e consciente do raciocínio (pois a intuição é, essencialmente, um processo inconsciente), é que a motivação para se dedicar e prosseguir nas tentativas de encontrar justificativas lógicas se dá pelo fato de que se fica afetivamente ligado ao assunto que se está estudando, isto é, se fica "maravilhado", "deslumbrado", "fascinado" com ele e, então, não se poupa esforço e se supera qualquer dificuldade com entusiasmo, como se estivesse empenhado em conquistar um ser amado que resiste à corte.