Você mencionou que os átomos também saltam em níveis de energia. Mas os níveis de energia não existem exclusivamente para os elétrons?

Os níveis de energia que os elétrons possuem são devidos a sua interação com o núcleo. Portanto são níveis de energia do átomo e não só do elétron. Mas também existem níveis de energia dos átomos participantes de moléculas, que, no caso, são moleculares.