Professor, pode uma crença irracional torna-se algo verdadeiro e justificável ? O que estou querendo dizer é: tem algo hoje considerado ciência que outrora não passava de crença ?‎

Certamente que sim. Por exemplo, o atomismo de Leucipo e Demócrito, que era só uma crença se tornou um conhecimento científico. Do mesmo modo o heliocentrismo de Aristarco. Assim como a evolução de Anaximandro e Empédocles e vários outros casos.