Quando diz-se que nada se destrói, essa afirmação é verdadeira até mesmo para os átomos? Ou esses tem existência tão velha quanto o tempo?

Não é verdade que nada se destrói. Estruturas se destroem. Há certas propriedades que se conservam nessas destruições, contudo. Por exemplo, carga elétrica, massa-energia, quantidade de movimento, momento angular. Mas há destruição de matéria com sua transformação em radiação e vice-versa.