Se não tivéssemos nenhum tipo de referencial (sol, estrelas, outros planetas etc) para saber nossa velocidade no espaço, então como saberíamos se estamos a 90% da velocidade da luz ou não?

Toda velocidade é relativa. Se não houver nada em relação a que se verificar qual a velocidade, está-se parado. O espaço não é algo absoluto em relação a que se possa marcar qualquer posição. É apenas o conjunto das posições relativas das coisas que o preenchem. Aliás, não existe espaço sem conteúdo.