Você disse que a ontologia estuda os seres e entes, mas os entes, não possuindo existência objetiva, não seriam questões metafísicas e não ontológicas? então porque são abrangidos pela ontologia?

Ontologia faz parte da Metafísica. Tudo que é ontológico é metafísico também. Mas nem tudo que é metafísico é ontológico. A Ontologia não se dedica ao estudo estrutural e fenomenológico dos ser, mas sim a seus aspectos filosóficos, como a categorização, a conceituação, o levantamento de suas propriedades essenciais e acidentais, o estado de existência ou inexistência (pertencimento ou não à realidade), necessidade ou contingência e assim por diante. Isso também se aplica aos entes, dentro da Ontologia. Mesmo no caso dos seres, que são reais, o estudo ontológico é metafísico porque é concernente a seu conceito e suas propriedades. A ciência estuda os seres nos aspectos naturais e sociais. Além da Ontologia, a Metafísica também se dedica ao estudo da categorização da realidade, das relações entre os elementos das diversas categorias, como as dos entes, seres, valores, conceitos, ações, relações e outras.