conclui-se metafisicamente que o sobrenatural não existe?

Não. O que se conclui, metafisicamente, é que não se conclui que o sobrenatural exista. Ou seja, todas as pretensas demonstrações disso são falácias. Mas não se conclui que não exista também. Não há prova de que não exita. Nem filosófica nem fenomenológica. Então, a prudência impõe que se considere que não exista, pois se algo não seja evidente que exista e não se prova que existe, há que se considerar que não existe até que se prove que exista.