É correto afirmar que matéria é energia vibrando numa frequência baixa?

Não. Matéria não é energia, de modo nenhum. Energia é um atributo, uma propriedade, Matéria é um tipo de entidade substancial do Universo. Energia não é. Nada é "feito" de energia, mas "possui" energia (ou não). Não existe "energia pura". O que existe é a energia que algo possua. A equação E-mc² não mostra a equivalência entre matéria e energia, mas entre massa e energia, pois massa também é um atributo, uma propriedade. Matéria é um conglomerado de quantizações fermiônicas de campo, isto é, de partículas que possuem spin semi-inteiro. Uma quantização de campo ocorre quando o campo quantizado "ondula", com certa frequência, havendo uma superposição de ondas que restringe a existência da onda a uma região restrita do espaço, chamada "pacote de onda", que é a partícula em questão, como os quarks e os léptons. Mas essa frequência não é nada baixa. E o que vibra não é a energia, mas o campo. Claro que essa vibração possui energia, mas não "é" energia.