Professor, a ontologia se ocupa com entidades abstratas, isto é, não naturais, que a metafísica categoriza? Como por exemplo, conceitos, ideias, números, nomes etc.

Não é bem assim. Ontologia é a parte da metafísica que se ocupa com a categorização dos seres, o estudo de suas propriedades, de seus estados e tudo o mais que lhes diga respeito. Seres são uma das categorias metafísicas daquilo que se possa conceber como existindo de forma objetiva, isto é, independente de mentes que o concebam. Se algo puder ser concebido mas não possuir existência objetiva, não é um ser e sim um ente. Ser é o ente que, de fato, existe. Todavia o conceito de ser( como o de ente) é sutil e precisa ser distinguido de outros como o de valores, de idéias, de ações, de relações, de atributos, de estados e outras categorias que não sejam seres (ou entes). Coisas são seres, mas nem todo ser é uma coisa. Aliás, essa parte da Metafísica que consiste na categorização da realidade é uma das mais interessantes da Filosofia. Bem como a que estuda as condições de existência ou não de algum ente com pretensão de ser categorizado como um ser, como é o caso de Deus.