O que quis dizer é: estamos expandidos junto com o espaço, ou espaço entre nossas partículas estão aumentando cada vez mais, sem que a matéria expanda correspondentemente?

Tudo expande. O tamanho dos átomos, a separação entre eles, o tamanho das partículas subatômicas. Tudo isso ocupa espaço e tem tamanho. Se o espaço se expande, tudo se expande.