Quanto a expansão do espaço do Universo, ela afeta apenas o espaço vazio, ou afeta as outras estruturas, matérias, campos, etc?‎

Afeta tudo. Não existe espaço vazio no Universo. Todo espaço existente é preenchido por conteúdo de campo, radiação e matéria. Se não tiver matéria chama-se vácuo. Mas sempre vai ter campo e radiação. Vazio não existe nem dentro e, muito menos, fora do Universo, pois não existe lado de fora do Universo.