o vacuo é a ausencia de materia certo? entao é correto dizer que o espaço entre um eletron e o seu nucleo é vacuo?‎

Sim. Mas não é vazio. Está preenchido pelos campos elétrico e magnético do núcleo e dos outros elétrons, bem como pelo campo gravitacional de todo o Universo. Todavia, em geral, se considera vácuo como um conceito macroscópico, isto é, referente a um volume em que poderiam haver muitos átomos.