É certo afirmar que para o ateu, tudo é ilusão?

Claro que não. O que o ateu considera ilusão é a existência de Deus, e, por extensão, da alma imortal e de espíritos em geral, como anjos e demônios. Mas a maioria dos ateus considera que o mundo físico seja real e não uma ilusão como quer a doutrina "Maia" dos hinduístas. O mundo físico é composto de matéria, radiação, campos, espaço, tempo, estruturas, ocorrências e dinâmicas. Tudo isso são coisas reais. Da mesma forma que, na categoria das abstrações, as ideias, os conceitos, os raciocínios, as emoções, os sentimentos, as normas, as convenções, são reais dentro de sua categoria de realidades. A ideia de Deus é real, mas Deus, como entidade objetiva, não é real.