Porque enquanto mais rapido um corpo esta mais dificil se torna sua aceleração? Conheço as formulas da relatividade, mas o que há no universo para dificultar essa aceleração?

A razão é que a inércia e a gravitação não são função apenas da massa, mas, também, da energia. Com o aumento da velocidade, aumenta-se a energia, aumentando a inércia. E, mais inércia, requer mais esforço para ganhar velocidade.