Os cientistas são obrigados a adotar uma concepção materialista? Algumas teorias que são tidas como "verdade científica" (não encontrei um termo mais correto) não passam de ideologias?‎

Não se é obrigado a nada em ciência. Nem a adotar o método científico padrão. Quanto mais a ser materialista, nem tampouco fisicalista, que é a concepção atual que substitui o materialismo. Todavia o que se tem que fazer em ciência é aceitar como verdade provisória (sem nunca se ter certeza de que seja definitiva) aquilo que puder ser verificado, testado, comprovado. E note que, com relação à existência de alguma realidade sobrenatural, o que se precisa verificar é se existe, e não se não existe. Uma vez que não se encontre algo que evidencie ou comprove a existência de tal realidade, a suposição a se tomar é de que não exista. E ainda não se achou tais evidências ou provas. Certamente que a ciência admite crenças não provadas e nem evidenciadas, desde que sejam plausíveis e haja bons indícios a seu favor (note que algo ser evidente é, justamente, o contrário de ser lógico, isto é, demonstrado). Esse é o caso da existência de uma realidade objetiva fora da mente de cada um. Mas não se pode admitir alguma fé em algo sem nenhum indício de plausibilidade, como é o caso da realidade sobrenatural (deuses, espíritos, almas, anjos, demônios e similares). O que se considera como "verdade" em ciência não é nenhuma ideologia, como propõem alguns, mas aquilo que se tem como verificado em função dos conhecimentos disponíveis. Não se tratam de verdades absolutas, pois podem ser revogadas a qualquer momento por novos conhecimentos. A ciência não tem verdades absolutas. Alcançá-las é quase impossível. Note que as religiões também não as possuem, pois o que elas dizem que sejam verdades absolutas são, meramente, propostas nesse sentido. Tanto não são verdades absolutas que diferentes religiões apresentas propostas conflitantes e não há um critério metarreligioso para aferi-las e chancelar qual das religiões seja verdadeira, de forma objetiva, de modo que todas as demais possam ser abolidas por se tratarem de equívocos demonstrados. A ciência, mesmo não possuindo verdades absolutas, é o melhor caminho para se aproximar delas.