O panenteísmo e panendeísmo diferem porque no primeiro, deus se divorciou de uma de suas partes, que se transformou ou virou o universo, e existe fora dele. Mas existiria num plano sobrenatural? E no panendeísmo, ocorreu o mesmo, sem deus interferir no universo em sua evolução.

No panenteísmo, o Universo não se desmembrou de Deus. Ele continua a ser uma parte de Deus. No panteísmo Deus é o próprio Universo, na totalidade de ambos. E, nos dois casos, Deus é providente, isto é, interfere no desenrolar das ocorrências do Universo. No pandeísmo, Deus é, também, o próprio Universo, mas ele deixa o Universo evolver por conta própria. No panendeísmo, o Universo é uma parte de Deus, que, também, é deixada evolver por conta própria. Tanto no panendeísmo quanto no panenteísmo, o Universo não é uma parte de Deus que se desprendeu dele. Continua como integrante de Deus. As concepções nas quais o Universo é aparte de Deus são o teísmo e o deísmo.