Baixa auto-estima ou baixa estima ? qual o correto ?‎

Ambas as expressões são corretas, mas cada uma significa algo diferente. Auto-estima é a estima por si mesmo. Baixa auto-estima é não gostar de si mesmo. Baixa estima é não gostar de outra coisa qualquer. Por exemplo: "Tenho baixa estima por quem seja preconceituoso".