Professor, algumas pessoas dizem que a radiação do microondas deixa o alimento contaminado. Não acredito nisso, mas saberia explicar fisicamente se isso é verdade?

De modo nenhum. A radiação emitida internamente em um forno de micro-ondas é capaz de apenas excitar moléculas inteiras, colocando-as em vibração e, como isso, aquecendo o corpo em que se encontram. Isso porque sua frequência corresponde à frequência de vibração natural das moléculas. As microondas não penetram no interior dos átomos nem promovem alteração nas ligações interatômicas das moléculas, portanto não promovem reações químicas. Ademais, elas não são absorvidas pelas estruturas moleculares para serem reemitidas posteriormente. Além disso, o forno é blindado, de modo que as microondas não saem de seu interior e ele desliga sua emissão se a porta for aberta.
https://pt.wikipedia.org/wiki/Forno_de_micro-ondas
https://en.wikipedia.org/wiki/Microwave_oven