Mas professor, como pode ocorrer a colisão entre prótons, se o princípio de exclusão de Pauli postula que qualquer férmion não pode ocupar o mesmo estado quântico? Não seria próton e antipróton?

O princípio da exclusão se aplica a férmions participantes de um sistema ligado e não aos que sejam independentes. Os prótons dos dois feixes que se colidem não consistem em um sistema ligado. Além do mais eles não estão no mesmo estado, pois possuem velocidades em sentidos opostos.