O indeterminismo contraria sua própria ontologia?

Não. O que é ontologia? É o que aquilo é. O que é indeterminismo? É a consideração de que um evento que seja causa de outros não possua para causa algo determinado por suas características mas uma coleção de possíveis efeitos que se darão aleatóriamente, podendo-se conhecer apenas a distribuição de probabilidades de que cada um se dê. Ora, isso é, ontologicamente, o que seja indeterminismo. Não há contradição nenhuma nisso. Todavia, ontologia se refere à essência do que um ser seja. E indeterminismo não se enquadra da categoria de seres e sim de concepções. De qualquer modo se pode falar da essência de uma concepção, como sendo o seu significado. Do mesmo modo que a respeito de outras categorias, como valores, relações, ações e outras que não são seres.