Existe alguma coisa sobre o funcionamento ou a origem do Universo que a ciência nunca será capaz de responder?

Não se pode dizer que algo nunca será explicado, mas pode ser que algo realmente nunca seja. Só que é impossível saber o quê. O que se observa é que, à medida que o tempo passa, mais e mais fatos vão sendo explicados. Então se pode esperar que, mais dia menos dia, tudo o será. Talvez dentro de milhares da anos. Nada é inexplicável a priori.