a justiça deve ser aplicada em uma cultura (talvez religiosa) que não respeita os direitos de alguém ou toda prática cultural deve ser absolutamente livre?

A ética paira acima das características culturais dos povos, pois é geral para toda a humanidade. A moral é que é relativa. Se alguma cultura admite práticas que não sejam éticas isso precisa ser abolido. Como, geralmente, são os detentores do poder local que estabelecem a moral vigente, nem sempre o povo consegue reverter tais práticas e, muitas vezes, as assimila. A comunidade internacional tem, então, que agir para coibi-las por pressões, sem interferir na soberania local, exceto em casos graves. É o caso do que está acontecendo na Síria. Acho que a ONU deveria depor o Assad. Costumes cruéis, como a ablação do clitóris ou a lapidação de adúlteras têm que ser abolidos. Há outros que são totalmente anti-éticos. Dizer que não se pode interferir, pois é cultural é o cúmulo da omissão de defesa dos injustiçados. Não sei como alguém pode ter a consciência limpa de aceitar essas práticas.