Ernesto, se um professor perceber que a turma não entendeu/aprenseu o assunto e seja final ano ou semestre, o correto seria reprovar toda a turma ou aprovar todos?

Nem um nem outro. Se der tempo, dar o assunto não entendido de novo e reavaliar. Se não der tempo, deixar o assunto não entendido fora da avaliação e avaliar pelo resto. Se não se entendeu nada, considerar a disciplina como não dada, sem reprovar nem aprovar ninguém, e dá-la outra vez. Não se pode considerar como ensinada uma matéria que não tenha sido aprendida. Nem se pode considerar como aprendida uma matéria que, de fato, não o foi.