Qual seria o principal fator que mais notório para uma pessoa deixar inclusive o deísmo, por exemplo? Já que alguns alegam que o mundo é harmônico, belo, ordenado e etc.

Só que o mundo não é harmônico, belo e ordenado como se diz. Há imensas horripilâncias no mundo. É só examinar o submundo dos insetos no chão de uma floresta. Ou os catastróficos buracos-negros. Ou a terrível guerra de predação dos peixes nos oceanos. Sem contar os vulcões, os furacões, os terremotos e outras catástrofes naturais. Bem como as doenças, os aleijões e por aí vai. Claro que há beleza no mundo também. Bem como bondade. Mas a feiura e a malvadeza estão tão presentes quanto. Ademais, o deísmo não se sustenta uma vez que a invocação de um agente extrínseco ao Universo para criá-lo, absolutamente, não é necessária. Ademais, se Deus existisse, mesmo que não fosse providente, haveria alguma forma de detectar sua existência, o que, de modo nenhum, acontece. Uma vez que não é evidente que tal entidade exista realmente e que não se tem nenhuma prova indireta de sua existência, a opção a se adotar é a de sua inexistência. A concepção teísta de um Deus benevolente e providente, então, é mais difícil ainda de ser aceita, uma vez que o mal existe, orações não são atendidas, muitos maus se dão bem e muitos bons se dão mal e por aí vai.