Se você aplica uma prova, onde o aluno acertou o resultado, porem utilizou uma formula que não é confiável e que você não passou, você aceitaria a resposta ou anularia?

Claro que aceitaria como certa se, de fato, estiver. O importante não é que o aluno reproduza o que o professor ensinou, mas que tenha aprendido, mesmo que por outras vias, outros métodos, outras fontes, outras concepções. Aliás, eu incentivo que isso seja feito pelos alunos.