o que se quer dizer quando se diz que a história da física não é linear? muito foi discutido, nem tudo que foi proposto foi confirmado logo de imediato, seria isso?

Significa que não segue uma linha de descobertas uma após a outra em sequência tal que cada uma está relacionada com a anterior. Existe bifurcações, convergências
e retroalimentações. Isso é que significa não ser linear.