Professor, a expansão do universo se aplica aos átomos? Quer dizer que todos elétrons, prótons e nêutrons ficaram todos bem distantes uns dos outros?

Sim, se aplica a tudo. Todavia se você aplicar a lei de Hubble para o tamanho de um átomo verá que a velocidade de crescimento do espaço atômico é muito pequena.
v = H d
H = 67 km/s.Mpc = 2,2E-18/s
d = 1 Å = 1E-10m
v = 2,2E-28m/s
Isto é, para o átomo dobrar de tamanho será necessário um tempo de
t = d/v = 1E-10/2,2E-28 = 4,5E17s = 14 bilhões da anos
Que é mais do que a atual idade do Universo.