Energia de repouso é a mesma coisa que massa de repouso?‎

Sim, é só uma questão de unidade de medida. Pela equação E = Mc² se converte uma na outra. A massa de repouso de um sistema, como um núcleo atômico, além de incluir a massa de repouso de seus constituintes, engloba, também, todas as formas de energia que esses constituintes exibem em relação ao centro de massa do sistema.