quando se define alguma coisa em fisica, ja se esta aderindo a filosofia? em que parte a ontologia entra na fisica?

Sim, porque a ontologia, justamente, cuida do que as coisas são, isto é, o que algo tem de característico para ter algum nome. A essência é, justamente, a propriedade ou propriedades, sem as quais aquilo não é o que é. Os acidentes não comprometem o fato daquilo ser o que for. Então, ao se dar uma definição de algo em qualquer ciência, está se dizendo o que, em função das propriedades que possui, pode receber aquele nome. Isso é, justamente, ontologia. Além disso, a Física é fenomenológica, isto é, o que quer que seja que tenha recebido algum nome se relaciona com outras coisas, relações, ou o que seja que também tem outros nomes. A busca dessas relações é que é o âmago da ciência em si mesma. Ela poderia ser edificada com base em definições inteiramente diferentes. Definições são arbitrárias. Mas as relações não. Elas descrevem o modo como a natureza se comporta, que não depende da vontade de ninguém. Para estudar a fenomenologia da ciência (que, afinal, é a própria ciência) faz-se uso de modelos descritivos (especialmente matemáticos) que propiciam explicações, bem como previsões. Se as previsões se confirmam, o modelo se torna a teoria explicativa do fenômeno. Isso é epistemologia.