Mas a química explica o funcionamento da natureza. A química explica a estrutura molecular de cada elemento da natureza, né?

A Química explica até um certo nível. Ela explica "como", mas não "porque". As razões pelas quais as regras de combinações químicas são as que são, são explicadas pela Física. Isso não significa que a Química não seja importante, mas que e natureza epistemológica dela seja mais técnica do que científica.