se as particulas se comportam como onda também, o núcleo do átomo onde existem os prótons e os neutrons também se apresentam como ondas?

Sim. Em verdade o melhor seria dizer que as partículas são concentrações quantizadas de campos. Todas. Ou seja, elétrons, prótons, nêutrons, quarks, fótons, glúons, neutrinos e as demais. Por quantizado se entende que a concentração se faz de modo a apresentar certos valores das grandezas que medem vários atributos que são apenas alguns valores permitidos que, quando estão reunidos em uma pequena região do espaço, essa região se torna sede de uma individualização do campo que consiste, então, em uma partícula. É o que acontece com a carga elétrica, o spin, a massa e outros atributos, como número leptônico, número bariônico, isospin, estranheza, carga de cor e por aí vai.