Desejar que Deus abençoe pessoas que não acreditam, é falta de respeito?

Claro que não. Se a pessoa acha que Deus existe e que seja capaz de abençoar alguém e ela tem consideração por essa pessoa, desejar que Deus a abençoe é um sinal de boa vontade e afeição para com quem se faz esse voto. A pessoa que for objeto desse voto, mesmo não acreditando em Deus, deve se sentir agradecida pela atenção que a outra devotou a ela com esse desejo, revelador de sua estima e admiração.