Espere, não sei se compreendi direito ainda. Tanto animais quanto vegetais originaram-se de bactérias e archeas, logo têm um ancestral em comum (considerando-se que apareceram ao mesmo tempo), mas possuíram (por alguma razão) uma evolução diferente?

Exatamente. Sugiro consultar os livros:
O que é Evolução - Ernst Mayr - Rocco
O Livro de Ouro da Evolução - Carl Zimmer - Ediouro
Evolução - Mark Ridley - Artmed
Análise Evolutiva - Freeman & Herron - Artmed
Há muitos outros, mas esses são os melhores.