Um mestre em Engenharia Nuclear pode trabalhar com pesquisa em física de altas energias?‎

Sim. Geralmente essas pesquisas envolvem dispositivos cujo funcionamento é baseado em engenharia nuclear, de modo que as equipes de pesquisa também incluem engenheiros, nucleares, mecânicos, eletricistas, além dos físicos tanto de partículas quanto nucleares. De qualquer modo é bom que se façam estudos mais aprofundados sobre o tema.